De Cylons zijn door mensenhand geschapen. Ze hebben zichzelf verder ontwikkeld. Ze kwamen in opstand.
40 jaar na de eerste Cylonoorlog, maakten de Cylons de twaalf koloniën met de grond gelijk. Met een samengeraapt aantal civiele schepen op sleeptouw, kon de haast antieke Battlestar Galactica de aanval ontkomen en beginnen met de zoektocht naar de legendarische woonplek van de dertiende mensenstam: een planeet genaamd Aarde.
Na een maandenlange achtervolgingsjacht door de Cylons, kon de Battlestar Glactica en de schepen die ze onder haar hoede had genomen, zich verenigen met een ander schip dat de Cylons kon ontkomen: De Battlestar Pegasus. Ze bundelden hun krachten en versloegen het Cylonschip "Wederopstanding".
In een vlaag van woede over het verlies van de "Wederopstanding" openende de Cylons een genadeloze tegenaanval op de vloot van de mensen. Een noodsprong lijkt de enige hoop voor de mensen te zijn ... maar plotseling gaat er iets mis. De FTL-motoren van de beide vloten worden overbelast door een enorme toevoer energie. Door de ongecontroleerde sprong, raken beide vloten ver van hun geplande koers af.
In Battlestar Galactica Online zijn de mensen en de Cylons gestrand in een onbekende sector aan de rand van het sterrenstelsel. Beide vloten zijn zwaar beschadigd, beide zijn bijna door hun voorraad grondstoffen heen. In een race tegen de klok moeten beiden hun vloot weer gevechtsklaar en operationeel zien te krijgen; het is van het grootste belang om de controle te krijgen over de grote Tyliumreserves, metalen en water. De mensen zoeken vertwijfelt naar een uitweg en zetten hun zoektocht naar de Aarde voort; voordat de Cylons sterk genoeg worden om ze voor eens en altijd uit te kunnen roeien.
